交通事故救助基金的申请程序：1、其公安机关交通管理部门在3个工作日内书面通知救助基金管理机构，并提交相关材料。2、救助基金管理机构在接收到相关材料以后进行审核。3、其救助基金管理机构作出结论：对于符合要求的进行拨款；不符合的不进行垫付，但是需要说明理由。
【法律依据】：《道路交通事故社会救助基金管理试行办法》第二条
道路交通事故社会救助基金的筹集、使用和管理适用本办法。 本办法所称道路交通事故社会救助基金（以下简称救助基金），是指依法筹集用于垫付机动车道路交通事故中受害人人身伤亡的丧葬费用、部分或者全部抢救费用的社会专项基金。
第十三条
发生本办法第十二条所列情形之一需要救助基金垫付部分或者全部抢救费用的，公安机关交通管理部门应当在3个工作日内书面通知救助基金管理机构。
第十四条
医疗机构在抢救受害人结束后，对尚未结算的抢救费用，可以向救助基金管理机构提出垫付申请，并提供有关抢救费用的证明材料。
第十五条
救助基金管理机构收到公安机关交通管理部门垫付通知和医疗机构垫付尚未结算抢救费用的申请及相关材料后，应当在5个工作日内，按照本办法有关规定、《道路交通事故受伤人员临床诊疗指南》和当地物价部门制定的收费标准，对下列内容进行审核，并将审核结果书面告知处理该道路交通事故的公安机关交通管理部门和医疗机构： （一）是否属于本办法第十二条规定的救助基金垫付情形； （二）抢救费用是否真实、合理； （三）救助基金管理机构认为需要审核的其他内容。 对符合垫付要求的，救助基金管理机构应当将相关费用划入医疗机构账户。对不符合垫付要求的，不予垫付，并向医疗机构说明理由。
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